高専では、将来エンジニアになることを目指し、入学当初からその資質や目標にあった専門教育が行われます。5年間の一貫教育で、専門教育と一般教育が効率よく組み合わされているので、大学と同程度の高度な専門的能力を修得できます。高専の卒業生には、準学士の称号が与えられます。
専攻科は、従来の5年間の高専教育の上にさらに2年間のより高度の教育を行うことを目的に平成13年4月に設立されました。専攻科において、所定の単位を修得し、大学評価・学位授与機構が行う試験に合格すると、大学学部卒業者と同様に学士(工学)の学位が取得できます。また大学院に進学もできます。木更津高専専攻科には、機械・電子システム工学専攻、制御・情報システム工学専攻、環境建設工学専攻があります。