木更津高専では学生生活を通じて自立・自考の精神を養うために、課外活動にも力を入れています。 全学生が参加する学友会の下で、文化部、運動部そして同好会が結成され、活発に活動しています。
学友会活動の拠点である学友会館は、学生によって自治運営されています。 また、毎年秋に実施される学園祭(祇園祭)は、学友会内の祇園祭実行委員会が中心となって運営しています。
全国の高専生が競い合うロボコン(ロボットコンテスト)やプロコン(プログラミングコンテスト)には、同好会や有志の学生たちがチームを組んで取り組んでいます。
また他にも,英語スピーチコンテストやコンクリートカヌーコンテストなどのさまざまなコンテストがあり、多数の学生が参加しています。